La cuarta generación del Mustang es, en cuanto a motor, la misma que la tercera. Ford sigue basándose en la plataforma Fox para sus nuevos vehículos, pero es en el exterior donde se observa la evolución y las diferencias con sus antecesores, lo que le vale para distinguir entre una tercera y cuarta generación. El vehículo de 1994 marcó un cambio importante con la tercera generación. Su apariencia se volvió más aerodinámica y más agresiva en sus líneas. Se siguió utilizando el motor de 5 litros (ho), pero ahora con 215 caballos en lugar de 225. Las versiones hatchback desaparecieron y sólo se ofreció como coupé y descapotable. El motor de 5 litros sólo duró dos años en la nueva generación. Realmente, se trataba del mismo motor 260 que apareció en el primer Mustang de hace 30 años. El 5.0 cedió su lugar al mucho más moderno motor modular de 4.6 litros y árbol de levas a la cabeza.
El motor 4.6 de 1996 apareció con la misma potencia que el 5 litros de 1995, pero creció a partir de ahí. En 1998 la potencia ya había vuelto a 225 y en las últimas versiones de 260 caballos. Además, en 1996 apareció nuevamente el Mustang Cobra, con el motor de 4.6 litros pero con cabezas con árbol de levas doble. Generaba alrededor de 305 caballos de potencia. Además, un año más tarde entra una nueva norma vigente para todos los modelos: el Sistema de Antirrobo de Ford (PATS).
En 1999 Ford realiza una renovada imagen para el Mustang. Las tendencias de diseño de la compañía eran llamadas New Edge y las líneas curvas se transformaron en líneas anguladas. El Mustang se volvió más cargado en su diseño exterior. En el interior los cambios se limitaron a tonalidades y en ubicación de interruptores.
El Cobra de 1999 aparte de sus cambios en diseño exterior, se benefició de una notable mejoría en su suspensión. El Cobra de éste año fue el primero con suspensión independiente en las ruedas traseras en el mustang cobra R, el primer Mustang sin el eje rígido atrás. El nuevo diseño viene con la insignia del 35 Aniversario.
El equipo SVT siguió su intervención en el Mustang, y para el modelo 2003 ya había desarrollado un motor supercargado por Eaton que lograba desarrollar 390 caballos del 4.6 litros. Además, logró deshacerse de uno de sus más encarnecidos rivales, el Camaro, que fue abandonada su producción por Chevrolet en 2002.
El Mustang de 2004 será el último modelo de ésta generación. Con él acaba también una tradición importante. Hasta ésta generación, todos los Mustang vendidos en Estados Unidos habían sido producidos en la planta de Dearborn (Míchigan) y ésta es la última generación que se produce ahí. La quinta generación se producirá en la planta AutoAlliance en Flat Rock, Míchigan.
En México, después de 10 años de haber sido retirado del mercado, el Mustang regresa con la imagen fresca, llega en 2 versiones: coupe y convertible con el motor 5.0L. Para 1996 el motor cambia a 4.6L y cambian sus rines y calaveras traseras. A mediados de 1997, Ford decide vender en algunas agencias exclusivas los modelos SVT y el primero en ser vendido como parte de esa línea fue el Mustang SVT Cobra en una edición limitada a la venta en 7 distribuidores.
También fue la imagen de las carreras de stock-car "Copa Mustang" que se realizó de 1996 a 2003, dando paso a la copa Nascar México que se corre actualmente.